O BananaKernel é um kernel composto por uma série de arquivos, cada um responsável por uma das partes que resolveu-se explicitar durante o desenvolvimento. Para gerar a imagem, primeiro deve-se compilar o kernel utilizando o Makefile que acompanha o sistema, e, em seguida, criar a imagem final. A saída do make é composta por 4 arquivos: SIMPLES, SIMPLES-FS, INTERMEDIARIA e INTERMEDIARIA-FS, sendo os arquivos terminados em -FS aqueles que executam as funções do módulo de gerência de arquivos. Em seguida, é criado, automaticamente um arquivo chamado bnnk.iso que pode ser diretamente executado pelo emulador ou gravado em um CD-ROM.